Ebru yapılacak yerin temiz, havalandırılabilir olması ve ısısının 20 dereceyi geçmemesi gerekir. Daha yüksek sıcaklarda organik bir malzeme olan kitrenin içeriği çok hızlı bozulacaktır. Bu sebeple eski ebrucular yazın ebru yapımına ara verir.

Günümüzde kitre yerine deniz kadayıfı, sentetik deniz kadayıfı, kıvam arttırıcı gibi ürünler kullanıldığından, ayıca formaldehit gibi katkı maddeleri ile kitrenin dayanım süresi yükselmiştir ve yazında ebru yapılabilmektedir.

Ebru yapımı diğer sanat dallarına nispeten kirli sayılabilecek seviyededir. Kullanılan malzemelerde zamanla bakım isteyen malzemelerdir. Malzemelerin bakımı baştan hazırlanması oldukça zahmetli ve zaman alan bir işlemdir. Bu yüzden ebru için ayrı bir atolye yada evin içindeki bir bölümün ebru için düzenlenmesi gerekir. Ebru yapılacak yerdeki duvarlar, sıçrayan boyalar yüzünden kağıt veya kumaş ile kaplanabilir. Bu bölümde teknenin konacağı masa, tabure ve bir çöp tenekesi bulunur. Ebru yapımındaki atıklar yapışkan ve ıslak atıklar olması yüzünden çöp tenekesinde kullanım kolaylığı amaçlanarak çöp poşeti kullanılır.

Bazı kaynaklarda ebrucunun boya ve kitre sehpasının karşısında biraz daha yüksekçe bir sandalyede oturduğu belirtilir. Mustafa Düzgünman'ın bu şekilde ebru yaptığı bilinmektedir. Günümüzde kullanılan masalar genelde 50-60 cm yükseklikte masalardır ve masadan daha alçak tabureler kullanılır.

Ayrıca ebru yapımında teknenin temizliği için bolca gazete kağıdı kullanılır. Boyaları karıştırmak için genelde 190 cc lik cam kavanozlar ve çiçeklerde kullanılan renklerin bulunduğu 40cc'lik küçük kavanozlar çoğu ebruzen tarafından sıklıkla kullanılır.

Daha önce hazırlanmış olan kitre yavaşça tekneye boşaltılır. Kitrenin koyuluğu salep kıvamına gelinceye kadar su ilave edilerek istenilen kıvama getirilir. Kitrede gerek boşaltılırken gerekse su ilavesi yapılırken köpükler ve hava kabarcıkları meydana gelir. Bu köpükler gazete kağıdı ile 5-10 kez temizlenir. Kenarda toplanan köpük ve hava kabarcıkları elle köşeye sıkıştırılıp dışarı atılabilir.

Tekne içindeki kitre üzeri tekrar bir kağıtla kapatılarak bir iki gün dinlenmeye bırakılabilir. Bir tekneden 600 kadar ebru yapılabildiği bilinmektedir.

Ebru yapımına başlamadan önce bütün boyalar ayrı ayrı karıştırılır. İlk atılan boyaya az, ikinci ve üçüncü atılan boyalara daha fazla öd kullanılır. Bu kullanım üstteki boyanın alt zeminindekinin üzerinde yayılmasını sağlar. Çiçek ve hatip ebrusu yapımında kullanılacak olan boyaların ayarları zemin ebrusunun üzerine damlatarak denenir.

Fırça sağ ele alınır, sol el işaret parmağına vurularak sağdan sola doğru gidilir, teknede boş yer bırakmamaya açlışarak boyalar serpilir. İstenilen ebru türüne göre ebru yapılır.

Kağıt teknenin sağoıdndan yada solundan yavaş yavaş su yüzeyine yatırılarak alınır. 10-15 saniye sonra boya kağıda geçmiş olur.

"Ebrunun keyfi geldimi, kumaşa hattacam gibi cilalı satıhlara tutması da işten değildir." (Necmeddin Okyay)

Ebru kağıdı tekneye atıldığı zaman kağıtla kitre arasında hava kabarcığı kalması en çok bilinen hatalardandır. Bu hata genelde kağıdın taşıma esnasında kırılmasından yada kağıdı yanlış yerleştirmeden kaynaklanır. Bu hata oluştuğunda iğne veya sivri bir telle, o boşluk kalan kağıt delinerek havası alınabilir. Havası alınmayan kağıt tekneden çıktığı zaman hava olan yerde beyaz bir leke oluşacaktır. Ebrunun alımında genelde iki yol izlenir.

1. Kağıt tekne kenarına sürtülerek kendine doğru çekilir ve tekneden çıkan kağıt daha önce hazırlanmış olan kurutma yerlerine getirilerek kurumaya bırakılır. Sıyırma diye adlandırılan bu işlemdeki amaç kağıdın üzerinde biriken fazla kitrenin tekrar tekneye boşaltılarak kitreyi daha uzun süre kullanmaktır.
2. Ebru tekne kenarına sürülmeden dışarı çıkarılıp kurutulabilir.

Ebrular birbirine değmeyecek şekilde sergene yada düz bir yüzeye serilir. Gölgede kurutulur. Necmeddin Okyay'ın verev şeklinde (iki köşe karşılıklı gelerek), Mustafa düzgünman ise yanyana getirilmiş birkaç çıtanın üğzerine dizerek kuruttuğu bilinmektedir. Artık kurutma işlemi için Sergen adı verilen ve fazla sayıda ebruyu aynı anda kurutabilen raflı kurutucular kullanılmaktadır.

Ebru aındıktan sonra çalışmaya devam edilmeyecekse teknenin üzeri tekneyi kapatacak büyüklükte dir kağıt ile kapatılarak bir sonraki kullanıma kadar tozlanması ve kirlenmesi engellenir.

Ebru kağıtları kuruduktan sonra mührelenirse parlar ve mühreli ebruların renkleri çıkmaz. Ebruya sabunlu bir bez sürülür, sonra mühre, sert düz bir tahta üzerinde yumurta şeklinde cam porselen ve mermerle yapılır. Kağıt düz bir yerde tutularak elimizdeki mühre taşı veya benzeri bir aletle kuvvetlice olarak bir baştan bir başa bastırılarak gidilir, bütün here tarafına aynı muamele yapılarak devam edilir. Mühre ebruyu bir zırh gibi sarar ve parlatır. Mühreyi ve ebruyu arada bir saçımıza sürterek kaymasını ve yağlanmasını sağlarız. Mührelenen kağıt elle tutulmaz, serbest bırakılır. Tutulan ebruda çizgiler kalır ve yırtılır. Mührelenecek kağıda sabunlu kuru bez sürülürse daha iyi mührelenir.